Ο ιερός ναός του Αγίου Σπυρίδωνα είναι η σημαντικότερη εκκλησία του νησιού και αποτελεί ένα από τα σπουδαιότερα μεταβυζαντινά μνημεία της πόλης. Η οικοδόμησή της ολοκληρώθηκε το έτος 1594. Πρόκειται για μονόκλιτη ξυλόστεγη βασιλική επτανησιακού ρυθμού, κτητορική άλλοτε της οικογένειας Βούλγαρη, που είχε στην κατοχή της για περίπου τέσσερις αιώνες και το σκήνωμα του Αγίου. Το εντυπωσιακό πυργοειδές κωδωνοστάσιο κτίστηκε το 1590 και είναι το ψηλότερο της πόλης. Εξωτερικά ο ναός είναι απλός, ενώ στο εσωτερικό του, με τον πλούσιο διάκοσμο, βρίσκονται πολυτιμότατα κειμήλια και αναθήματα. Το λείψανο του Αγίου Θαυματουργού Σπυρίδωνα φυλάσσεται σε μία αργυρή πολυτελή λάρνακα, που βρίσκεται τοποθετημένη στα δεξιά του Ιερού. Η ουρανία, δηλαδή η ζωγραφισμένη οροφή του ναού, με την εντυπωσιακή σύνθεση και αρκετές ομοιότητες με την οροφή της αίθουσας του Μεγάλου Συμβουλίου στο Δουκικό παλάτι της Βενετίας, αγιογραφήθηκε στα 1727 από τον Παναγιώτη Δοξαρά και ουσιαστικά εγκαινιάζει μια νέα περίοδο στην επτανησιακή τέχνη. Λόγω εκτεταμένων φθορών, τα έργα του Δοξαρά αντικαταστάθηκε με αντίγραφα από τον κερκυραίο αγιογράφο Νικόλαο Ασπιώτη, μετά το 1850. Το μαρμάρινο τέμπλο κατασκευάστηκε το 1864, αντικαθιστώντας το παλαιότερο πέτρινο.